Područje Nacionalnog parka Risnjak pripada Dinarskom sustavu koji se pruža od istočnih Alpa pa do Šarsko-pindskog gorja, dio je područja koje spaja Alpe i Dinaride. Preko masiva Risnjaka i Snježnika prolazile su velike migracije alpskih, artičkih i borealnih vrsta u smjeru jugoistoka, ali se na ovim planinama sačuvala bitno različita vegetacija od okolnog područja.
U visinskom pogledu Nacionalni park proteže se od 290 m nad morem u dolini rijeke Kupe, do 1528 m koliko iznosi visina najvišeg vrha u masivu Risnjaka – Veliki Risnjak te zajedno s masivom Snježnika predstavlja veliku klimatsku i vegetacijsku pregradu između primorskih i kopnenih djelova Hrvatske.