Nacionalni park Risnjak pod utjecajem je klimatskih obilježja Jadrana i kontinentalnog podneblja koji se sukobljavaju na ovom području i određuju posebnost klime. Ugodno umjerena topla ljeta sa srednjom temperaturom do 20°C smjenjuju se uz kišovite jeseni i proljeća do dugih, snježnih i hladnih zima. U višim predjelima pravilno se smanjuju srednje vrijednosti temperatura a rastu količine oborina što je povezano sa količinom zračne vlage, intenzitetom naoblake, magle i sl. Naoblaka je maksimalna u studenom i prosincu, a minimalna u srpnju.
Cijeli je prostor karakterističan po tipičnim krškim formacijama dolina i ponikvi sa svojom posebnom mikroklimom. Oni predstavljaju zaseban životni prostor s vlastitim biljnim zajednicama i tipičnom temperaturnom inverzijom, što njihov okoliš čini potpuno drugačijim od neposredne okoline.