Sagledavajući hidrogeološke karakteristike stijena prema njihovom litološkom sastavu, stupnju deformacije na površini te vodnim i morfološkim pojavama na promatranom području, mogu se razlikovati stijene slijedećih hidrogeoloških karakteristika:
dobro vodopropusne okršene karbonatne stijene (pretežno vapnenci)
srednje vodopropusne okršene karbonatne stijene (dolomiti i vapnenci u izmjeni)
slabo vodopropusne okršene karbonatne stijene (pretežno dolomiti u izmjeni s klastitima)
u cjelini vodonepropusne stijene (klastit paleozoika i trijasa)
naslage promjenjive vodopropusnosti relativno male debljine)
Prva grupa stijena na ovom području zaprema najveće prostranstvo, a izgrađena je uglavnom od vapnenaca jurske i kredne starosti bez ili s malom količinom dolomita. Veliku vodopropusnost uvjetuje litološko svojstvo, strukturni položaj, intenzitet tektonskih deformacija i stupanj okršenosti.
Zbog relativno obilne količine padalina i dugotrajnog snježnog pokrivača, prihranjivanje oborinskom vodom dosta je ujednačeno pa je i istjecanje na najznačajnijim krškim izvorima konstantno. Ovo se područje odlikuje tipičnim krškim obilježjima: brojnim vrtačama, jamama, ponorima i pukotinama. Teren je uglavnom bez površinskih tokova i sve vode što padnu u obliku padalina izgube se u podzemlju.
Slabo vodopropusnim stijenama pripadaju klasični sedimenti gornje trijaske starosti, kao i klastiti paleozoika. Zbog prevladavanja glinovito-pješčenjačkih i konglomeratičnih sastojaka čitav je kompleks izrazito vodonepropusan, dok mu je površinski reljef karakteriziran brojnim izbrazdanim jarcima kojima se slijevaju oborinske vode.
Vodeni tokovi
U granicama Parka stalni izvori i povremeni vodeni tokovi javljaju se u jugoistočnom dijelu, u Leski, Bijeloj Vodici i Crnom Lugu, s podlogom od trijaskih klastičnih i karbonatnih naslaga. Stalni i povremeni tokovi nisu registrirani u višim risnjačkim prostorima, osim vrlo kratka toka na području Japetove Šegine, s pojavom izvora i ponora na jedva dvadesetak metara udaljenosti. Jedini slabiji stalan izvor u visinskom dijelu je Studenac na području Javorova kala, a povremenih izvora ima nakon obilnih kiša samo na pojedinim kamenim izbočinama ili na slojnim plohama uz postojeće šumske staze ili na stjenovitim prostorima planine.
Snijeg se oko vrhova Risnjaka zadržava više od 150 dana godišnje. Sve oborinske vode poniru kroz brojne pukotine u vapnencima i tako stvaraju obilan podzemni rezervoar koji hrani niže položene izvore.
Izvor Kupe
Na području masiva Snježnika nalazi se vododjelnica Crnomorskog i Jadranskog sliva.
Izvor Kupe – jako krško vrelo, hidrogeološka je specifičnost ovog područja. Izvor je vezan na rasjedni kontakt između dobro propusnih vapnenaca jurske starosti na sjeveroistočnim padinama Risnjaka, slabo propusnih trijaskih dolomita i nepropusnih paleozojskih škriljavaca.
Krški izvor Kupe ima izgled ovalnog jezerca uvučenog ispod stotinu metara visokih vertikalnih stijena na koti od 321 m.n.v. Prema dosadašnjim istraživanjima, voda izvire iz dvaju vertikalnih kanala od kojih je jedan izmjerene dubine 156 m, što još uvijek nije konačna brojka. Minimalni kapacitet istjecanja izvora iznosi cca 1100 l/s, dok maksimalne količine nisu mjerljive.
